नीम की पत्तियों से लेकर इसकी छाल और निबौरियों भी कई रोगों को ठीक करने के काम आती है। सुबह खाली पेट नीम का सेवन करने से शरीर में रोग प्रतिरोधक क्षमता तो बढ़ती ही है साथ ही व्यक्ति को कई बीमारियों से भी निजात मिलती है। नीम के इतने फायदे होने के बावजूद अगर इसका सेवन गलत तरह से किया जाता है तो ये फायदे की जगह व्यक्ति की सेहत को नुकसान भी पहुंचा सकता है।

लो ब्लड शुगर होना - नीम की पत्तियों का सेवन करने से शरीर के अंदर हाइपोग्लाइसेमिक या ब्लड शुगर का स्तर कम होता है। अगर आप नीम की पत्तियों का रोज और ज्यादा सेवन करते हैं तो इससे आपका ब्लड शुगर अधिक लो हो सकता है। दरअसल ऐसा इसलिए होता है क्योंकि जब अधिक मात्रा में नीम लिया जाता है, तो व्यक्ति को हाइपोग्लाइसीमिया की परेशानी हो सकती है, जिसके कारण चक्कर आना और कमजोरी आदि हो सकती है।
 
एलर्जी - एक अध्ययन के अनुसार लगातार तीन हफ्तों  तक नीम का सेवन करने से शरीर में एलर्जी की प्रतिक्रिया हुई, जो कि दाने और चक्कते के रूप में नजर आते हैं। कई बार इसके कारण लोगों के शरीर पर बिना वजह खुजली होती है। ऐसे में व्यक्ति को कुछ दिनों के लिए नीम लेना बंद कर देना चाहिए।

किडनी डैमेज का खतरा -नीम आपके शरीर को प्यूरीफाई और डिटॉक्स कर देता है। पर अगर ये ज्यादा हो जाए तो किडनी फ्लेयोर का डर बढ़ जाता है। ऐसे में हर व्यक्ति को इसे लेने से पहले  अपने चिकित्सक से परामर्श लेना चाहिए।

पेट की परेशानियां - नीम आपकी पेट से जुड़ी परेशानियों का भी कारण बन सकता है। ज्यादा नीम की पत्तियों का सेवन करने से आपको मतली या पेट में जलन आदि हो सकती है। जब आप नीम का ज्यादा मात्रा में सेवन करते हैं, तो यह आपके फैट को ज्यादा बर्न करेगा और आपको खाली पेट जलन और मतली आदि हो सकती है।

इम्यून सिस्टम को ओवर एक्टीवेट करने का खतरा - नीम या नीम आधारित उत्पादों का सेवन आपकी प्रतिरक्षा प्रणाली को बढ़ावा दे सकता है। हालांकि, आपको डॉक्टर से पूछ कर ही नीम का सेवन करना चाहिए।  क्योंकि नीम का अधिक सेवन इम्यून सिस्टम को एक्टिवेट कर सकता है और अन्य ऑटोइम्यून बीमारियों को ट्रिगर कर सकता है।

कितनी मात्रा में नीम लेना सही - नीम के पत्तों का अर्क या जेल दांतों और मसूड़ों पर 6 सप्ताह तक लगातार इस्तेमाल किया जा सकता है।ब्रश करने के बाद 30 सेकंड के लिए माउथवॉश के रूप में 15 एमएल नीम का ही उपयोग करें।रोजाना 3 मिलीग्राम से ज्यादा नीम के पत्तियों के अर्क का सेवन न करें।